منذ ستينيات القرن الماضي وحتى اليوم، مرّ الإرهاب في أفريقيا بسلسلة مراحل، بداية من الاستعمار وحتى المرحلة الأخطر التي اتخذ فيها العمل الإرهابي الطابع المنظم حالياً، من خلال تنظيمات عابرة للحدود، مروراً بمرحلة السبعينيات الخطيرة مع بروز التنظيمات التكفيرية، وحتى انتباه العالم لحجم وخطورة الإرهاب في القارة، ومن ثم تبني رؤى استراتيجية لمواجهته، لا سيما بعد أحداث 11 سبتمبر 2001 التي شكّلت مرحلة فاصلة في التعاطي الإقليمي والدولي مع قضايا الإرهاب في القارة السمراء.